Di posisi ketiga diisi oleh Luca Marini dari Avintia Ducati. Adik Valentino Rossi ini terpaut waktu 0.085 dari Pecco Bagnaia.
Berikut adalah hasil lengkap kualifikasi MotoGP Emilia Romagna 2021:
1. Francesco Bagnaia ITA Tim Ducati (GP21)
2. Jack Miller AUS Tim Ducati (GP21)
3. Luca Marini ITA VR46 Avintia Ducati (GP19)
4. Pol Espargaro SPA Repsol Honda (RC213V)
5. Miguel Oliveira POR Red Bull KTM (RC16)
6. Franco Morbidelli ITA Monster Yamaha (YZR-M1)
7. Marc Marquez SPA Repsol Honda (RC213V)